W skład Inspektoratu wchodzą następujące komórki organizacyjne:

1. Zespół ds. zdrowia i ochrony zwierząt,
2. Zespół ds. bezpieczeństwa żywności,
3. Zespół ds. pasz i utylizacji,
4. Zespół ds. nadzoru farmaceutycznego,
5. Zespół ds. finansowo-księgowych,
6. Zespół ds. administracyjnych,
7. Zespół ds. obsługi prawnej,
8. Samodzielne stanowisko ds. ochrony informacji niejawnych i ds. obronnych,
9. Samodzielne stanowisko ds. audytu kontroli urzędowych,
10. Samodzielne stanowisko ds. bhp,
11. Zakład Higieny Weterynaryjnej w Bydgoszczy