W skład Zakładu Higieny Weterynaryjnej w Bydgoszczy wchodzą:

Zakład Higieny Weterynaryjnej z siedzibą w Bydgoszczy (ZHW B) będący jednostką macierzystą;

Oddział Terenowy w Toruniu;

Oddział Terenowy we Włocławku

Poszczególne główne komórki dzielą się na pracownie specjalistyczne, które przedstawia załączona poniżej struktura ZHW:

Pracownie zlokalizowane w jednostce macierzystej w Bydgoszczy wykonują badania  środków żywienia zwierząt oraz szeroki zakres badań dotyczący chorób zwierząt